提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(新春走基层)大展宏“兔”生肖文物图片展：从传统文化和历史文物中寻“兔”******
图为1月25日，甘肃省博物馆内，游客正在参观故宫博物院的泥制兔儿爷文物图。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆内，游人正在拍摄兔形文物图片。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆内，游人走过兔形文物图片展区。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆内，游人正在拍摄兔形文物图片。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆内，游人拿着展览资料使用手机搜索关于展区内故宫博物院的“兔”元素资讯。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆内，游客正在参观兔俑文物图。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆内，小朋友正在参观壁画中的生肖“兔”。 李亚龙 摄
图为1月25日，甘肃省博物馆文物图片展区，家长正在给孩子拍照留念。 李亚龙 摄
2023年春节期间，甘肃省博物馆推出大展宏“兔”——癸卯(兔年)新春生肖文物图片联展，该展由甘肃省博物馆及生肖文化传播联盟的50多家文博机构共同推出，甄选数百幅与兔相关的文物、标本、艺术品图片，讲述和探寻传统文化和历史文物中的“兔”元素。
据了解，在中国传统文化中，兔子活泼可爱，性格温顺，深受民众的喜爱，是人类憨态可掬的“萌友”。从自然到文化，从天上到人间，中国人围绕着“兔”的世代创造、日积月累，形成了绚烂多姿的文化寓意，也已源源融入了中华民族的文化体系之中。李亚龙 摄
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